در لبنان

بعد از وفات عبدالناصر، ایجاد پایگاه چریکی مستقل، برای تعلیم مبارزان ایرانی، ضرورت پیدا می‏کند و لذا دکتر چمران رهسپار لبنان می‏شود تا چنین پایگاهی را تأسیس کند.

او به کمک امام موسی‏صدر، رهبر شیعیان لبنان، حرکت محرومین و سپس جناح نظامی آن، سازمان «امل» را براساس اصول و مبانی اسلامی پی‏ریزی نموده که در میان توطئه‏ها و دشمنی‏های چپ و راست، با تکیه بر ایمان به خدا و با اسلحة شهادت، خط راستین اسلام انقلابی را پیاده می‏کند و علی‏گونه در معرکه‏های مرگ و حیات به آغوش گرداب خطر فرو می‏رود و در طوفان‏های سهمناک سرنوشت، حسین‏وار به استقبال شهادت می‏تازد و پرچم خونین تشیع را در برابر جبارترین ستم‏گران روزگار، صهیونیزم اشغال‏گر و هم‏دستان خونخوار آنها، راست‏گرایان «فالانژ»، به اهتزاز درمی‏آورد و از قلب بیروت سوخته و خراب تا قله‏های بلند کوه‏های جبل‏عامل و در مرزهای فلسطین اشغال شده از خود قهرمانی‏ها به یادگار گذاشته؛ در قلب محرومین و مستضعفین شیعه جای گرفته و شرح این مبارزات افتخارآمیز با قلمی سرخ و به شهادت خون پاک شهدای لبنان، بر کف خیابان‏های داغ و بر دامنة کوه‏های مرزی اسرائیل برای ابد ثبت گردیده است.

پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران:

دکتر چمران با پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی ایران، بعد از 23 سال هجرت، به وطن باز می‏گردد. همه تجربیات انقلابی و علمی خود را در خدمت انقلاب می‏گذارد؛ خاموش و آرام ولی فعالانه و قاطعانه به سازندگی می‏پردازد و همة تلاش خود را صرف تربیت اولین گروه‏های پاسداران انقلاب در سعدآباد می‏کند. سپس در شغل معاونت نخست‏وزیر در امور انقلاب شب و روز خود را به خطر می‏اندازد تا سریع‏تر و قاطعانه‏تر مسئله کردستان را فیصله دهد تا اینکه بالاخره در قضیة فراموش ناشدنی «پاوه» قدرت ایمان و ارادة آهینن و شجاعت و فداکاری او بر همگان ثابت می‏گردد.

در کردستـان:

در آن شب مخوف پاوه، همة امیدها قطع شده بود و فقط چند پاسدار مجروح، خسته و دل‏شکسته در میان هزاران دشمن مسلح به محاصره افتاده بودند. اکثریت پاسداران قتل‏عام شده بودند و همة شهر و تمام پستی و بلندی‏ها به دست دشمن افتاده بود و موج نیروهای خونخوار دشمن لحظه به ‏لحظه نزدیک‏تر می‏شد. باران گلوله می‏بارید و می‏رفت تا آخرین نقطه مقاومت نیز در خون پاسداران غرق گردد. ولی دکتر چمران با شهامت و شجاعت و ایثارگری فراوان توانست این شب هولناک را با پیروزی به صبح امید متصل کند و جان پاسداران باقی‏مانده را نجات دهد و شهر مصیبت‏زده را از سقوط حتمی برهاند.

آنگاه فرمان انقلابی امام‏خمینی(ره) صادر شد. فرماندهی کل قوا را به دست گرفت و به ارتش فرمان داد تا در 24 ساعت خود را به پاوه برساند و فرماندهی منطقه نیز به عهدة دکتر چمران واگذار شد.

رزمندگان از جان گذشته انقلاب، اعم از سرباز و پاسدار به حرکت درآمدند و همة تجارب انقلابی، ایمان، فداکاری، شجاعت،‌قدرت رهبری و برنامه‏ریزی دکتر چمران در اختیار نیروهای انقلاب قرار گرفت و عالی‏ترین مظاهر انقلابی و شکوهمندترین قهرمانی‏ها به وقوع پیوست و در عرض 15 روز شهرها و راه‏ها و مواضع استراتژیک کردستان به تصرف نیروهای انقلاب اسلامی درآمد و کردستان از خطر حتمی نجات یافت و مردم مسلمان کرد با شادی و شعف به استقبال این پیروزی رفتند.

وزارت دفـاع:

دکتر چمران بعد از این پیروزی بی‏نظیر به تهران احضار شد و از طرف رهبر عالیقدر انقلاب، امام‏خمینی(ره)، به وزارت دفاع منصوب گردید.

در پست جدید، برای تغییر و تحول ارتش از یک نظام طاغوتی، به یک سلسله برنامه‏های وسیع بنیادی دست زد که پاک‏سازی ارتش و پیاده کردن برنامه‏های اصلاحی از این قبیل است تا به یاری خدا و پشتیبانی ملت، ارتشی به وجود آید که پاسدار انقلاب و امنیت  استقلال کشور باشد و رسالت مقدس اسلامی ما را به سرمنزل مقصود برساند.

مجلـس:

دکتر مصطفی چمران در اولین دور انتخابات مجلس شورای اسلامی، از سوی مردم تهران به نمایندگی انتخاب شد و تصمیم داشت در تدوین قوانین و نظام جدید انقلابی، بخصوص در ارتش،‌ حداکثر سعی و تلاش خود را بکند تا ساختار گذشتة ‌ارتش به نظامی انقلابی و شایسته ارتش اسلامی تبدیل شود. در یکی از نیایش‏های خود بعد از انتخاب نمایندگی مردم در مجلس شورای اسلامی، اینسان خدا را شکر می‏گوید: «خدایا، مردم آنقدر به من  محبت کرده‏اند و آنچنان مرا از باران لطف و محبت خود سرشار کرده‏اند که به راستی خجلم و آنقدر خود را کوچک می‏بینم که نمی‏توانم از عهده آن به درآیم. خدایا، تو به من فرصت ده، توانایی ده تا بتوانم از عهده برآیم و شایستة این همه مهر و محبت باشم.»

وی سپس به نمایندگی رهبر کبیر انقلاب اسلامی در شورایعالی دفاع منصوب شد و مأموریت یافت تا بطور مرتب گزارش کار ارتش را ارائه کند.

در خوزستـان:

گروهی از رزمندگان داوطلب، به گِرد او جمع شدند و او با تربیت و سازماندهی آنان، ستاد جنگ‏های نامنظم را در اهواز تشکیل داد. این گروه کم‏کم قوت گرفت و منسجم شد و خدمات زیادی انجام داد. تنها کسانی که از نزدیک شاهد ماجراهای تلخ و شیرین،‌ پیروزی‏ها و شکست‏ها، شهامت‏ها و شهادت‏ها و ایثارگری‏های آنان بودند، به گوشه‏ای از این خدمات که دکترچمران شخصاً مایل به تبلیغ و بازگویی آنها نبود، آگاهی دارند.

ایجاد واحد مهندسی فعال برای ستاد جنگ‏های نامنظم یکی از این برنامه‏ها بود که به کمک آن، جاده‏های نظامی به سرعت در نقاط مختلف ساخته شد و با نصب پمپ‏های آب در کنار رود کارون و احداث یک کانال به طول حدود بیست کیلومتر و عرض یک متر در مدتی حدود یک‏ماه، آب کارون را به طرف تانک‏های دشمن روانه ساخت، به طوری که آنها مجبور شدند چند کیلومتر عقب‏نشینی کنند و سدی عظیم مقابل خود بسازند و با این عمل فکر تسخیر اهواز را برای همیشه از سر به دور دارند.

یکی از کارهای مهم و اساسی او از همان روزهای اول، ایجاد هماهنگی بین ارتش، سپاه و نیروهای داوطلب مردمی بود که در منطقه حضور داشتند. بازده این حرکت و شیوة جنگ مردمی و هماهنگی کامل بین نیروهای موجود، تاکتیک تقریباً جدید جنگی بود؛ چیزی که ابرقدرت‏ها قبلاً فکر آن را نکرده بودند. متأسفانه این هماهنگی در خرمشهر بوجود نیامد و نیروهای مردمی تنها ماندند. او تصمیم داشت به خرمشهر نیز برود، ولی به علت عدم وجود فرماندهی مشخص در آنجا و خطر سقوط جدی اهواز، موفق نشد ولی چندین‏بار نیروهایی بین دویست تا یک‏هزار نفر را سازماندهی کرده و به خرمشهر فرستاد و آنان به کمک دیگر برادران مقاوم خود توانستند در جنگی نابرابر مقابل حملات پیاپی دشمن تا مدت‏ها مقاومت کنند.